Charles IX a dix ans lorsque son frère François II meurt, c’est alors Catherine de Médicis qui reprend le royaume. Les Etats Généraux se déclarant incompétents et se dispersent.
Les guerres de religions débutèrent à partir du 15 mars 1562 où François de Guise fait tuer des Huguenots au massacre de Wassy. Le Havre est prit par les Anglais, appelés par Condé et Coligny.
L’Edit de Saint-Germain met fin aux guerres de religion après les différents batailles qui déchirent le royaume comme en 1567 à Saint-Denis ou en 1569 à Jarnac. Des places clés sont données aux huguenots, Henri de Navarre, futur Henri IV, épouse le 18 août 1572 la sœur du roi, Marguerite de France. Charles IX épouse Elisabeth d’Autriche, fille de Maximilien II.

Jusqu’à sa mort le 30 mai 1574 Charles IX fut obsédé par le massacre de Saint Barthélemy, qui à eut lieu dans la nuit du 23 août 1572.

Et c’est Henri III frère du roi qui devient héritier du trône.