À l’avènement de Charles VIII, son frère qui n’a que treize ans, elle devient, selon le voeu de Louis XI, sa gardienne et la gouvernante du royaume (1483 – 1491). Soupçonnant, en effet, que les féodaux voudraient profiter de l’occasion pour récupérer de l’autonomie, le roi a jugé que sa fille aînée serait mieux à même de leur tenir tête que le Dauphin. De fait, Anne, aidée par son mari, Pierre de Beaujeu, remplira bien sa mission. Face à la révolte de Louis d’Orléans (le futur Louis XII) que soutiennent la Bretagne, l’Angleterre et l’Autriche, elle fera montre de remarquables qualités d’homme d’État et saura conclure victorieusement la « folle guerre » (1485 – 1488) qui s’ensuivra. En 1491, elle remet à son frère un royaume préservé, grossi de la promesse d’un agrandissement puisqu’elle lui fait épouser Anne l’héritière de la Bretagne.